高山姬鼠种群繁殖具有明显的季节周期性波动，在四川西昌市郊区和四川天全县，高山姬鼠一年内仅在3~9月及3~5月出现一个繁殖高峰期，平均胎仔数为6.12~6.80只。在贵州省大方县1月、12月，当地高山姬鼠停止繁殖，2月、3月和10月、11月出现少量孕鼠，主要繁殖期在4~9月，每年在4~5月和8~9月出现两个种群繁殖高峰期，胎仔数最多10只，最少2只，平均胎仔数为5.92只；一年内种群数量变动较大，每年在6月出现一个种群数量高峰期，平均捕获率为4.63%，全年种群数量季节变化呈单峰型曲线。不同年度、不同月份、不同季节种群繁殖参数存在一定差异。不同年龄组之间种群繁殖参数存在显著差异，随着种群年龄的增长，种群繁殖力不断增加。