除白蚁科某些类群外，其他白蚁消化道内，都含有数量很多的单细胞微生物，其中包括了原生动物中的4个纲：孢子纲、鞭毛纲、纤毛纲和肉足纲等，鞭毛虫的大部分成员属于超鞭毛目和多鞭毛目。除此之外，还有细菌等。这些微生物的种类极其繁多，已经鉴定了学名的原生动物就有300种之多。不同种的白蚁则有不同种组合的微生物，而同一种白蚁的肠内可以含有许多种微生物共同生活，所以有人认为根据肠内微生物种类的组成特点，可以用于白蚁的种类鉴定。

　　这类微生物与白蚁之间形成共生关系，它们互相依存，共同发展。微生物在白蚁消化道内获得充分营养，而白蚁却依靠这些微生物的协助，消化木质纤维素，使之完全转变为白蚁可以吸收利用的营养物质。日本学者大岛正满研究台湾乳白蚁取食木材后，指出台湾乳白蚁排出的粪便中只含有木质素，而木材中的纤维素已被利用。这个过程是通过肠内微生物来完成的。